В общем и целом изначально слово, ныне являющееся ругательством, не было негативным.
Подонками называли остатки чего-то на дне рюмки/бокала/бочки и т.д. Те самые пять капель воды, которые никак не хотят попасть к вам в рот, — это подонки. Не в плане отвратительного поведения, а в плане нахождения на дне.
Со временем словом стали называть тех людей, которые эти остатки собирали: буквально те, кто был на социальном дне и вынужден был перебиваться остатками после чего-то пира.
Ещё позднее слово сепарировалось от своего основного значения и стало обозначать людей, к которым испытывали презрение и моральное осуждение. Собственно, в таком значении оно и живёт в современном русском языке. И уже никакой связи с остатками чего-то на дне.